
En su siguiente álbum, Revolver, que sale a la venta en setiembre de 1966 se puede ver un trabajo ciclópeo de producción arropando melodías y ritmos novísimos, frescos y vanguardistas. George Martin se había hecho perfecto cómplice de las inquietudes del cuarteto y se acopló maravillosamente a los nuevos paisajes que ofrecía la música de Revolver, paisajes que iban de lo clasicista a lo iconoclasta, de lo simple a lo intrincado, demostrándonos a lo largo de sus múltiples transformaciones la presencia de un amigo poderoso y diferente a todo lo que antes había sido materia prima para la inspiración del grupo: el LSD, viejo conocido y souvenir de sus recientes giras por América, y presente ya, aunque de manera tímida en algunos pasajes de "Rubber soul", era aquí en Revolver el protagonista.

Pero, a pesar de tantos éxitos, el grupo tendría que hacer frente a diversos escándalos, siendo el más destacable el producido a raíz de una entrevista de John Lennon en la que afirmaba que «los Beatles eran en ese momento más famosos que Jesucristo» (en realidad lo que Lennon había querido decir era que «Hubo un tiempo en que a los Beatles nos comparaban con Jesucristo»). En multitud de países fanáticos religiosos organizarían quemas de discos y la banda fue vetada en la radio.
Los Beatles abandonaron las giras definitivamente siendo el concierto de San Francisco el día 29 de agosto de 1966 el último de su carrera. Después de esto el grupo se dedicaría a descansar y a preparar su próximo disco (Sgt. Pepper's Lonely Hearts club Band).
A finales de 1966, se publica un álbum recopilatorio de Parlophone llamado A Collection of Beatles' Oldies, en el que incluye los éxitos antiguos Beatles, incluyendo un tema inédito del rockero Larry Williams Bad Boy, de la época del Cavern Club.

En 1967 lanzaron su obra más innovadora, Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band, un LP que marcaría el nacimiento de la música psicodélica y supuso un rotundo éxito mundial para el grupo británico, que alcanzó el número uno simultáneamente en las listas británicas y estadounidenses. La memorable portada fue hecha por Peter Blake. Esta tapa estaba en la duda de la EMI por los problemas que podría traerles ya que en este collage estaban casi cien caras muchas de famosos, y la compania buscaba no tener conflictos judiciales, se elimino la imagen de mohandas Ghandi y la imagen de jesucristo para no generar conflictos tanto en la india como en la comunidad cristiana, ya dolida por las declaraciones de lennon en 1966 al decir que "los Beatles son más populares q jesucristo".

Los Beatles serían los representantes del Reino Unido en la primera emisión vía satélite en televisión para todo el mundo, interpretando All you need is love.
El 21 de agosto de 1967 muere su mánager Brian Epstein de una sobredosis accidental de medicamentos (aunque también se ha contemplado la hipótesis del suicidio), tras este fallecimiento los Beatles nunca levantarán cabeza en el plano económico embarcandose en proyectos que fracasarán estrepitosamente y que serán otro motivo a tener en cuenta en la disolución de la banda. También en 1967, bajo una idea de Paul McCartney, produjeron la película para televisión Magical Mystery Tour, con la posterior edición del trabajo discográfico del mismo nombre.

En 1968 publican el álbum y la película Yellow Submarine. John Lennon conoce por esta época a la artista japonesa Yoko Ono, la cual lo influenciará enormemente, creando una continua molestia en el seno de la banda.
Con la gran cantidad de canciones compuestas en la India y a su regreso en Londres, editaron el doble LP The Beatles, más conocido como el "Álbum Blanco". Este periodo del grupo se cerraría con Hey Jude siendo uno de los singles más vendidos de la historia.

Pero las tensiones dentro del grupo iban siendo cada vez más notables. Todo esto quedaría grabado en el siguiente proyecto, el documental que empezó llamándose Get Back para terminar siendo Let It Be. Después de dar el famoso "concierto de la azotea" en el edificio de su sello discográfico Apple en el centro de Londres, los Beatles no quedaron contentos con el disco y no se editaría hasta casi un año después con orquestación a cargo de Phil Spector.
Los Beatles decidieron entrar en el estudio por última vez para grabar el que iba a ser su último disco (aunque se puso a la venta antes que Let it be), el imprescindible Abbey Road (1969).

Lejos de unir al grupo el disco acabo por separarlo del todo, juntándose en pocas ocasiones los cuatro a la vez en el mismo estudio.
Tras la publicación de Let It Be, en 1970, las desavenencias en el seno de la formación acabaron con la disolución de la misma y cada miembro continuó su carrera musical en solitario, sin que fructificase ninguno de los intentos de volver a reunirlos.

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